สำนักวิชาการสาธารณสุขทำหน้าที่เป็นเสมือน "ศูนย์กลางทางปัญญา (Intellectual Hub)" หรือหน่วยงานมันสมองของกระทรวงสาธารณสุข มีหน้าที่ครอบคลุมตั้งแต่การวิจัยเชิงนโยบาย การประเมินเทคโนโลยีทางการแพทย์ การคุ้มครองจริยธรรมการวิจัยในมนุษย์ ไปจนถึงการจัดการความรู้และอนุรักษ์ประวัติศาสตร์ทางการแพทย์ของชาติ

สำนักวิชาการสาธารณสุข ตั้งอยู่ที่ อาคาร 2 ชั้น 6 ภายในบริเวณกระทรวงสาธารณสุข ถนนติวานนท์ อำเภอเมือง จังหวัดนนทบุรี

วิสัยทัศน์คือการ "เป็นองค์กรที่มีการบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาล ในภารกิจด้านวิชาการ วิจัยและนวัตกรรมสาธารณสุข เพื่อส่งผลให้เกิดการแก้ปัญหาสาธารณสุข พัฒนาและปฏิรูประบบสาธารณสุข รวมถึงการปฏิบัติงานด้านสาธารณสุข เพื่อก่อให้เกิดสุขภาพที่ดีของประชาชน ทั้งในระดับชาติ เขตสุขภาพ จังหวัด และระดับพื้นที่"

HITAP (โครงการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพ) เป็นหน่วยงานวิจัยภายใต้สำนักฯ ที่ทำหน้าที่ประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพ (เช่น ยา วัคซีน อุปกรณ์การแพทย์) เพื่อให้ข้อมูลเชิงประจักษ์แก่รัฐบาลในการตัดสินใจบรรจุเข้าสู่ชุดสิทธิประโยชน์ของบัตรทอง ช่วยปกป้องความยั่งยืนทางการคลังของประเทศ

IHPP (สำนักงานพัฒนานโยบายสุขภาพระหว่างประเทศ) จะเน้นการวางรากฐานทางเศรษฐศาสตร์สาธารณสุขระดับมหภาค เช่น การคำนวณต้นทุนและการจัดสรรงบประมาณแบบเหมาจ่ายรายหัว ซึ่งทำงานประสานกับ HITAP ที่เน้นการประเมินความคุ้มค่าระดับจุลภาค (รายเทคโนโลยี) เพื่อให้ระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้ามีความยั่งยืน

ดูแลโดย คณะกรรมการจริยธรรมการวิจัยในมนุษย์ (EC) สังกัดสำนักวิชาการสาธารณสุข ซึ่งทำหน้าที่พิจารณาและอนุมัติโครงการวิจัย เพื่อคุ้มครองสิทธิ ความปลอดภัย และความเป็นอยู่ที่ดีของอาสาสมัครให้เป็นไปตามหลักจริยธรรมสากล

CRC ทำหน้าที่ประสานงานและสนับสนุนการวิจัยเชิงทดลองทางคลินิกในโรงพยาบาลศูนย์และโรงพยาบาลทั่วไปในภูมิภาค ช่วยลดการกระจุกตัวของงานวิจัยที่มักอยู่แค่ในส่วนกลาง และทำให้ข้อมูลประสิทธิภาพของยาหรือวัคซีนสะท้อนบริบทที่หลากหลายของคนไทยอย่างแท้จริง

สามารถตีพิมพ์ผ่าน วารสารวิชาการสาธารณสุข (Journal of Health Science of Thailand) ซึ่งดูแลโดยสำนักวิชาการสาธารณสุข เปิดดำเนินการมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2535 เพื่อเป็นพื้นที่ให้บุคลากรทางการแพทย์ทั่วประเทศนำเสนอผลงานวิจัย

เก็บรักษาไว้ที่ หอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ ริเริ่มก่อตั้งในวาระครบรอบ 100 ปี สาธารณสุขไทย ทำหน้าที่จัดเก็บเอกสารสำคัญทางการบริหาร ทางกฎหมาย และเอกสารประวัติศาสตร์ทางการแพทย์ (รวมถึงการทำประวัติศาสตร์บอกเล่า) เพื่อเป็นคลังสมองให้คนรุ่นหลัง

สำนักฯ ให้ความสำคัญกับการยกระดับคุณภาพชีวิตและคุณธรรมของบุคลากร ผ่านนโยบาย "MOPH Moral Sufficiency: คุณธรรมพอเพียง ขับเคลื่อนอย่างสร้างสรรค์" โดยตั้งเป้าเป็นองค์กรคุณธรรมต้นแบบ มีการกำกับองค์กรที่ดีและทำงานด้วยความโปร่งใส เพื่อสร้างเป้าหมายให้เจ้าหน้าที่มีความสุข ควบคู่ไปกับความเป็นเลิศทางวิชาการ